目前河道清淤已經從過去的僅以提高河道防洪、排澇和灌溉能力的傳統水利工程目標向生態水利目標拓展，也就是說在很多河道清淤工程的目標中都含有減少河道內源污染。
專業河道清淤了解到在歷史上，農村河道的清淤工程多是基于人工體力勞作的方式來完成，而大型清淤裝備、清淤船只也基本上是為了港口、航道或大江大河的大規模疏浚工程而建造，無法進入中小河道進行施工，因此中小河流清淤工程一般沒有非常合適的清淤裝備進行施工。與農村河道清淤相關的另一個問題就是淤泥的處理問題。過去農村河道廣泛存在“挖河泥”的冬季作業，并有將挖出來的河泥進行漚肥后作為肥料使用的習慣，這種習慣很自然地解決了淤泥的去向問題。而現在由于鄉鎮企業的發展導致了一些農村河道遭受了工業污水排放的污染，而農村生活方式的變化也使得一些小型工業廢棄物、生活垃圾被棄置于河道之中。由于這些原因，一些河泥成為“污泥”，其性質不再適宜直接還田或經過漚肥后作為肥料使用。另一方面，農業生產中化肥的使用越來越普遍，也使得原先用河泥漚制的肥料逐漸喪失了需求。
專業河道清淤
過去我國在航道、港口和大規模的內河疏浚工程較多，形成了相應的技術方法和機械設備。“十五”期間，圍繞河湖治理時底泥中污染物的去除問題開展了較多的“環保清淤”工程，即，指將河湖底泥中聚集的污染物通過清淤方式移出湖泊、河流的工程。環保清淤與工程清淤的差異在于清淤的底泥厚度很薄，比如太湖環保清淤工程其底泥為20～40cm的居多，因此，對清淤設備本身的定位、操作系統的精度要求很高。太湖、滇池等富營養化湖泊都開展了圍繞去除底泥中富含的氮、磷營養而實施大規模的環保清淤工程。
而城市河道也普遍展開環保清淤工作，廣州在召開亞運會之前，為了改善河道水質，對城市河涌進行了普遍清淤，上海的蘇州河、南京秦淮河等城市河道都普遍實施了清淤工程。相對于湖泊而言，城市河道的環保清淤工程可稍微粗放一些，因為河道本身的流動性和交換的特點，施工的精度和二次污染防治的要求都沒有湖泊敏感。目前環保清淤工程在淤泥的處理方面普遍采用了堆場堆放的模式，清淤產生的泥漿先進入堆場存放，在沉淀以后進行土地還原或者進行處理利用。而對于中小河道以及農村河道的清淤工程到底應該如何實施，使用什么樣的清淤機械和工藝，清出來的淤泥應該如何處理，在目前尚無一個比較規范或者公認的方法。